EDAMAME: Встановлення QIIME Virtual Box для Windows 7

Ці напрямки дещо змінені від тих, що надаються QIIME.org . ( http://qiime.org/install/virtual_box.html )

Будь ласка, запиши:

Вам знадобиться програма для розпакування файлів. Якщо ви не впевнені в наявності такої програми, то будь ласка завантажити 7-zip ( http://downloads.sourceforge.net/sevenzip/7z920-x64.msi ) і встановити програму.

ІНСТРУКЦІЯ для завантаження QIIME Virtual Box для Windows 7

• Створити нову віртуальну машину:
  • Запустіть Oracle VM VirtualBox з меню "Пуск" і створіть нову машину ( натисніть синю кнопку "Новий").

• З'явиться нове вікно. У цьому екрані введіть "QIIME" як назву для віртуальної машини. Потім виберіть Linux як операційну систему, а Ubuntu (64 біт) як версію. Натисніть кнопку Далі .

• Виберіть кількість оперативної пам'яті (пам'яті). Вам знадобиться не менше 1000Mb, але найкращий варіант базується на вашій машині (ідеальним є 3000+ Mb). Якщо можливо, уникайте переходу в червону частину ковзної шкали. Після вибору кількості оперативної пам'яті натисніть кнопку Далі .

• Виберіть "Використовувати існуючий жорсткий диск" і натисніть піктограму папки поруч із селектором (вона має зелену стрілку вгору). У новому вікні знайдіть віртуальний жорсткий диск, який було розпаковано на кроці 3. Виберіть файл і натисніть кнопку Відкрити .

• У новому вікні натисніть кнопку Створити .

• Двічі клацніть на створеній новій віртуальній машині - вона буде називатися QIIME - для її завантаження вперше. Це може зайняти кілька хвилин.

• Якщо вікно виглядає на малюнку нижче, то ПОЗДРАВЛЯЄМО! Зараз на комп'ютері з ОС Windows запущено Ubuntu (операційна система Linux).

• Після завантаження нової віртуальної машини на робочому столі з'явиться папка, яка називається "Before_you_start". Двічі клацніть по цій папці, щоб відкрити її, а потім двічі клацніть на файлі “1.Welcome.txt” у цій папці. Прочитайте файл, але спробуйте виконати оновлені інструкції нижче, щоб розпочати роботу з віртуальним вікном QIIME.

Початок роботи з віртуальним вікном QIIME

Перш ніж розпочати роботу з QIIME, слід встановити додатки для відвідувачів Virtual Box. Додатки для гостей - це набір додатків, які будуть встановлені у віртуальній машині для додавання таких функцій, як увімкнення більшого вікна.

• Перейдіть до меню віртуального вікна та виберіть Devices-> Insert Guest Additions CD Image ...

• Натисніть назад у віртуальному вікні, виберіть VBOXADDITIONS_4.3.12_93733 (він виглядає як значок компакт-диска з лівого боку. (Зверніть увагу на те, що назва VBOXADDITIONS ... може відрізнятися залежно від вашої версії VirtualBox.) Виберіть "Open Autorun Prompt", потім виберіть "Run" у спливаючому вікні.

• ПАРОЛЬ - це "qiime" (у нижньому регістрі). Натисніть клавішу Return (Повернути), коли з'явиться запит.

• Відкрийте термінал, натиснувши на чорне вікно з символом «> _» у лівій панелі меню віртуальної машини, і введіть цю команду в термінал:

sudo /media/VBOXADDITIONS_4.3.12_93733 /VBoxLinuxAdditions.run

Знову ж таки, назва каталогу VBOXADDITIONS ... може відрізнятися залежно від вашої версії VirtualBox. Ви можете запустити 'ls / media', щоб знайти назву цього каталогу. Коли з'явиться запит, введіть пароль: "qiime"

• Після завершення виконання цієї команди (тобто, ви отримаєте командний рядок назад) перезапустіть віртуальну машину, натиснувши кнопку живлення праворуч від слова "qiime" у верхньому правому куті вікна віртуальної машини, а потім виберіть "Завершення роботи" ... », а потім" Перезавантаження "у лівій частині спливаючого вікна.

• Після перезавантаження віртуального вікна виберіть "Пристрої", потім "Перетягніть" і натисніть "Двонаправлено". Це дозволить вам копіювати та вставляти матеріал з вашого комп'ютера "Host" Windows 7 у ваш комп'ютер "Virtual Box" Linux. "1.Welcome.txt" надає інформацію про копіювання та вставлення в термінал.

• Якщо ви зацікавлені в тому, щоб дізнатися, яке програмне забезпечення було встановлено у цій віртуальній машині, перейдіть до документа 2; якщо у вас виникли проблеми з мережею, тобто команди wget не працюють, перейдіть до документа 3; інакше перейдіть до документа 4. Усі документи знаходяться в папці Before_you_start на робочому столі.

Установки програмного забезпечення та набору даних у віртуальному вікні

• Відкрийте термінал, натиснувши на чорне вікно з «> _» у лівій панелі меню віртуальної машини. Спочатку встановіть PandaSeq з лабораторії доктора Джоша Нейфельда з Університету Ватерлоо, ввівши цю команду в термінал:

sudo apt-add-repository ppa: neufeldlab / ppa & & sudo apt-get оновлення & & sudo apt-get install pandaseq

• Тепер ми отримаємо приклад даних з лабораторії Schloss в Мічиганському університеті, ввівши цю команду в термінал:

wget http://www.mothur.org/w/images/d/d6/MiSeqSOPData.zip

Якщо ви зацікавлені, деталі можна знайти в наступному документі: Kozich JJ, Westcott SL, Baxter NT, Highlander SK, Schloss PD. (2013): Розробка стратегії секвенування подвійного індексу і трубопроводу курації для аналізу даних про послідовності ампліконів на платформі секвенування MiSeq Illumina. Прикладна та екологічна мікробіологія. 79 (17): 5112-20.

• Тепер розпакуйте завантажений файл, ввівши цю команду в термінал:

Віртуальне відео довідки

Якщо у вас виникли труднощі, є відео, яке ілюструє ці кроки тут . ( http://www.youtube.com/watch?v=1jYupkquaME )